На многих машинах АП-6 бортовой номер затерт и написан заново поверх. Смысл?

Новый номер относительно горизонта нанесен значительно ровнее. Возможно причины этого чисто эстетические, для красоты, так сказать.
А может просто причуды руководства, по аналогии с АП-5: после более-менее значимого ремонта в парке замазывать номер, написанный краской, и сверху клеить цифры из самоклейки.

Уменьшен кегль?

Уж сколько раз говорили: шрифт бортовых номеров у ПАТа должен быть по одному стандарту, в том числе и по размеру цифр. Видать, в АП-6 это не сразупоняли.

А в АП1 и АП5 еще не поняли.

А что это даёт? Даже внутри одного парка все по-разному. В ГЭТ тоже.