54э изменили: по порталу конечной указано СНТ "Ивушка", однако по факту они едут до Лесника-2, как бы 56э, но с ЖДВ

Почему же тогда на табло дезинформация, как и в реестре?

Видимо, "всем пофиг".

Либо его в своё время продляли без изменения в документах, либо его изначально криво внесли в документы.

Нормальный реестр стали публиковать с 2016 года. Там в промежуточных остановках последняя дачи Малинка, которая и осталась в действующем реестре. Считайте, что через Лесник-2 разворот удобнее делать :)
Тут интереснее, где реальный разворот был у 124. А то может, этот бардак тянется десятилетиями?)