Что за маршрут АЕ? Какой-то специальный?

Да, это Airport Express. Соединяет аэропорт с главным вокзалом. Ходят на нем автобусы городского предприятия, но он не включен в объединенную тарифную систему, так как официальным перевозчиком является железнодорожное предприятие. Ж/д линия к аэропорту в планах уже десятки лет, но строить пока не начали. Автобус работает в качестве "запасного" транспорта, но ходит почти пустым. К аэропорту и так ходят и обычные автобусные маршруты с городским тарифом.

Разница огромная.

Обычные автобусы (интервал минут в час пик / в будние / в выходные)
100 (к метро Zličín) - 15 / 15 / 30
119 (к метро Dejvická) - 6 / 8 / 10
179 (к метро Nové Butovice) - 15 / 30 / 30
Одноразовый билет за 26 крон (из автомата или кассы) или 30 крон (у водителя). Действует 75 минут вкл. пересадок в другие виды гор.транспорта. До главного вокзала возможно доехать с двумя пересадками (бус/метро, метро/метро) за менее чем час.

У маршрута AE интервал 30 минут. Билет до главного вокзала за 50 крон, до промежуточной остановки Dejvická за 30 крон. Билет не действует для пересадок. Так же возможно купить билет в комбинации с ж/д билетом (из/до фиктивной станции Praha-letiště), цена плюс около 30 крон. Время поездки из вокзала на аэропорт - 30 минут, в обратном - 50 минут.